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标志说明：该校标内涵具体表现为：
第一、校标以蓝色基调为主，由三种不同色阶的蓝色围成一个整体的圆，紧扣学校"三海一核"的办学特色，充分体现学校为中国船舶工业、海军装备、海洋开发和核能应用等领域服务的办学特色。
第二、校标在色彩的区分上，蓝色由中心向外由浅变深，寓意着该校肩负着中国船海事业由近海走向远海的历史重任。
第三、校标上方镶嵌毛体字"哈尔滨工程大学"，下方镶嵌学校英文称"HARBINENGINEERINGUNIVERSITY"，与国际接轨，体现学校创建国内一流、国际知名大学的奋斗目标。
第四、校标正中镶嵌学校的标志性建筑"31号教学大楼"和建校时间"1953"字样，并以背光形成光环效果，象征着哈尔滨工程大学继承"哈军工"的优良传统。
第五、校标结构严谨，色彩和谐，富于表现力。圆形构图象征着学校师生凝聚、团结、融合及对美好未来的追求，展现学校师生向高水平研究型大学昂首迈进的信心与勇气。